检查肛门一般要挂普通外科，或肛肠科，进行专科相关检查。肛门检查一般分为直肠指诊、物理检查等，同时可以进行肛门镜或乙状结肠镜检查。如果为完全检查结肠，还可以进行肠镜检查。检查肛门是比较专业的操作，一定要由有经验的临床医生执行，尤其是直肠指诊。
直肠指诊主要的目的是需要探查肛门内是否有基础病变，包括痔疮、息肉、肿瘤等。某些炎症性疾病，尤其是盆腔的炎症疾病，在进行肛门触诊时，可以明显感觉到直肠窝的发热现象，按压时还会产生疼痛感。在进行肛门检查时，要注意检查肛门是否有新生物，包括息肉或肿瘤，以及肛门内是否有新鲜血液存在。因此肛门检查，建议患者挂普通外科或肛肠外科，由有丰富经验的肛肠医生进行相关检查。