盛世才离开新疆后，塔里木河畔流传起一首童谣：“盛贼世才讲清廉，八十汽车没拉完。三架飞机还不算，两千骆驼在后边。”这首歌讽刺了他在新疆掠夺的财富之巨。即使如此，他依然未能带走所有财富。督办公署的新大楼地下室里，还藏有五万两黄金。盛世才到重庆后的第一件事，就是通过电话让妹夫彭吉元保住这个黄金库。然而，当中央军抵达迪化时，彭吉元在街头被当众殴打，根本顾不上去保护金库。
就在盛世才于9月18日在重庆宣誓就任农林部长的第二天，《新疆省全体民众讨盛檄文》发布了。这使得新疆人民反对盛世才的浪潮再度爆发，迅速蔓延至玉门。与此同时，《盛世才祸新纪略》小册子在重庆广为传播，引发了内地民众对盛世才的愤怒与对新疆各族同胞的同情，舆论一度汹涌澎湃，盛世才因此深感恐慌，不敢上班，甚至躲进了黄山。
为了摆脱困境，盛世才想尽了办法，其中最有效的手段是用财富贿赂国民政府的军政高层。他甚至希望通过亲妹妹与蒋介石嫡系将领的联姻，走一条“夫人路线”。然而，他的家族早已深陷悲剧，他的胞弟和妹夫均被他害死，妹妹也无法成为他的牺牲品，盛世才的这个美人计显然毫无希望。
当时，国民党内的反盛势力利用1945年5月召开的国民党六全大会，开始全面抨击盛世才。这些人多为曾被盛世才屠刀所伤的中统骨干，他们的猛烈攻击并非无的放矢，而是为了向蒋介石诉苦、显示自己功绩，并明确表示对盛世才继续高居权位的不满。最终，盛世才不仅在六全大会上失去了连任资格，会议结束后不久，他被国民政府正式撤职，法院开始着手调查。然而，蒋介石并不希望内部矛盾加剧，决定为盛世才撑腰，声称“即使盛世才犯了错，但他为国家收回了完整的新疆，立下了大功”。盛世才仅仅是失去了些许颜面，但他从未受到审查或起诉。
抗战胜利后，盛世才通过胡宗南的关系，获得了一个西北行营上将参议的散职，他便急忙从重庆赶往西安。在路途中，盛世才携带的财富引起了注意，最终在宝鸡被一群自称军官团的人抢劫一空。胡宗南后来替他追回了一部分。
1949年，盛世才随蒋介石逃亡到台湾，担任了“总统府”国策顾问、“国防部”上将高参、“行政院设计委员会”委员等闲职。然而，即便他到了台湾，依然不能摆脱过去的仇恨和控诉。1954年3月，台湾“国民大会”上，许多代表提出控诉盛世才在新疆所作所为的案子，小册子也在社会上广泛传播。蒋介石正在推进连任“总统”的宪法修订，不想因盛世才而引发更大争议，最终决定开始对盛世才进行审查，尽管这种审查是秘密进行的，盛世才依然利用自己曾经掠夺来的财富，撑起了一个庞大的保护伞。
在此后的国民大会中，尽管反盛的声音此起彼伏，但始终没有实质性进展。直到盛世才自己在六十年代末期开始感到生命威胁，他改姓“颜”，过上了隐匿的生活。在台北市，他每天穿着便服，带着木板鞋，悄然走进商店采购食物。尽管他刻意掩盖身份，偶尔有熟人识破，他也总是以“颜”氏自称，巧妙避开了过往的恶行。
然而，盛世才晚年常常深感恐惧，担心自己会被刺杀或下毒，他对外的所有食物都严格检查，不让任何他人送的东西进入自己的口中。因害怕极深，他甚至远离与人交往，将食品送给邻居以求结交好关系。虽然他总是以反共言论自居，但公众的怒火依然未曾熄灭，台湾社会始终将他视作民族罪人。
1970年7月13日，盛世才在台北病逝，享年75岁，尽管他终老在异乡，但他所犯下的罪行仍旧被铭记。
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